新闻资讯

NEWS

干货连载 | 最新版本SIMCA16教程来啦!

分类:公司动态   发布时间 2021-01-05   阅读: 3844

之前小编出的教程还是SIMCA14.1的,时隔三年多了,SIMCA已经更新到SIMCA16版本了,很多老师买软件之后都询问有没有配套的教程,那么今天小编就告诉大家一个好消息,我们将陆续针对SIMCA16版本出相应的分析教程哦,其中包括常规的PCA\OPLS-DA\PCA-class\OPLS等,大家尽请期待吧。那么今天小编先给各位老师介绍SIMCA最常用的组学分析PCA/OPLS-DA分析。

该实验是使用GC-MS平台来研究经过基因修饰的杨树的表达情况,基因修饰发生在PttPME1基因上,该基因控制果胶甲基酯酶合成(PME)。实验共分为三组,对照组(WT),PttPME1基因上调组(2B)和PttPME1基因下调组(L5)。实验结果经预处理后如下表所示:

代谢组学

数据导入

实验数据经过预处理后,可导入SIMCA软件进行相应的分析操作:

代谢组学
代谢组学

代谢组学

代谢组学

代谢组学

代谢组学


首先是PCA模型

代谢组学

代谢组学

代谢组学

代谢组学


这里我们选择Scaling方式为Ctr,Par和UV也是可以的:

1.Ctr是将原数据转化成离原点更近的新数据,Ctr=代谢组学

2.UV是将所有变量拥有同等的重要性,UV=代谢组学

3.Par相比UV更接近原始测量数据,Par=代谢组学

这里可以根据数据情况选择合适的Scaling方式。

代谢组学

代谢组学

代谢组学


OPLS-DA分析(以L5 VS WT为例)


代谢组学

代谢组学

代谢组学

代谢组学

代谢组学

代谢组学


为了检验OPLS-DA有无过拟合,进行随机分组200次的置换检验。

代谢组学

代谢组学

代谢组学

代谢组学

代谢组学


VIP数值已导出,按照常规筛选差异物方法VIP>1 P<0.05,那还需要进行Students’t-test分析,获得P值,SIMCA也可以进行相应的分析,具体如下:

首先开启Omics skin功能(File-Options-Simca options-Skins-Enable Omics skin-Yes)。

代谢组学

第二步在Omics skin模式下进行P值的获取。

代谢组学

代谢组学


S-plot图除了常规筛选差异物方法VIP>1 P<0.05,也可以用S-plot来筛选Biomarkers。

代谢组学

截图中Ctr或Par方式下是呈S型的,UV是做出来是直线


功能小贴士

在PCA或OPLS-DA得分图中右击选择Format plot即可对图中的细节进行修改,各个选项的功能如下:
1.Axis选项卡可对横纵坐标轴线条粗细和颜色、标尺字体大小、横纵坐标标题内容、字体和大小等进行修改;
2.Gridlines选项卡可对网格线有无、粗细、颜色等进行修改;
3.Background选项卡可对背景进行修改;
4.Legend选项卡可对图例位置、字体、大小和颜色等进行修改;

5.Limits and regions可对置信区间椭圆线条格式、椭圆内外区域颜色等进行修改;

6.Labels可对图中样本标签名称的字体、大小、颜色、位置和与样本的距离等进行修改;
7.Styles可对图中样本形状和颜色等进行整理修改。

代谢组学

有些老师不想图中显示样本编号,或者样本名称太长,显示不全,可以通过右击Properties-Label types下进行修改。



今天SIMCA16小技能就分享到这里拉,关于SIMCA16还有其他很多分析功能,例如用SIMCA进行火山图的构建、PCA-Class、OPLS、OnPLS等分析,后续小编会一一给大家介绍哦,我们下期再见。

如需本文原始数据,请在阿趣代谢微信公众号后台回复:1231数据+姓名+单位+联系电话;

如需试用SIMCA软件,请在阿趣代谢微信公众号后台回复:试用+姓名+单位+联系电话。

本文为阿趣代谢微信公众号原创,欢迎个人转发分享。其他任何媒体、网站如需转载,须联系阿趣代谢微信公众号获得授权,并在正文前注明来源阿趣代谢微信公众号。


代谢组学