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【百趣生物】技术介绍 | 微生物多样性测序

分类:公司动态   发布时间 2021-05-28   阅读: 692
微生物多样性测序(又称扩增子测序)是一种利用高通量测序技术对PCR所扩增的16S、18S、ITS等微生物物种特征序列的PCR产物进行检测的研究方法。此类方法不需要对微生物进行分离纯化培养,尤其适用于环境微生物等样本的研究。

1、技术路线
微生物多样性测序01
2、技术参数

  • 样本要求
土壤   10g
粪便   300-500mg
血液   10 mL
污泥/沉积物    5-10g
DNA    总量≥1μg、浓度≥20ng/uL
其它样本请咨询销售工程师

  • 检测平台
测序平台:llumina Hiseq 或 NovaSeq 6000
测序策略:PE250
测序深度:5-6万reads


3、应用方向

  • 医学领域:常见疾病与人体微生物的关系研究;
  • 动物领域:肠道、瘤胃(如产甲烷菌类群)与动物健康/营养消化研究等;
  • 农业领域:根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落研究等;
  • 环境领域:雾霾处理、污水治理、石油降解、酸性矿水处理及海洋环境研究等;
  • 特殊极端环境:极端环境条件下的微生物类群研究。


4、案例分析


  • Gut(IF=19.819):时间序列分析研究人在长期密闭环境下的微生态和代谢物变化(可点击标题阅读)


  • 巴西大西洋森林两个热带浅水湖泊淡水浮游细菌多样性的季节性

细菌在淡水环境中对有机和无机物质的循环是非常重要的。然而,对于热带系统中浮游细菌的多样性知之甚少。对热带湖泊碳和营养循环的研究表明,其与温带气候有很大差异的季节性。作者利用16SrRNA测序技术,研究了两个热带湖泊浮游细菌群落的季节变化,揭示了季节性和深度高度动态的浮游细菌群落,湖泊混合状态的差异与季节性β多样性有关。
微生物多样性测序02
微生物多样性测序03



参考文献:
Avila M P, Staehr P A, Barbosa F A R, et al. Seasonality of freshwater bacterioplankton diversity in two tropical shallow lakes from the Brazilian Atlantic Forest[J]. FEMS microbiology ecology, 2017, 93(1).


5、百趣协助客户发表文献
(可点击标题阅读原文)

北京妇产医院:Tianhe Li, Tingting Zhang, Huimin Gao, et al. Tempol ameliorates polycystic ovary syndrome through attenuating intestinal oxidative stress and modulating of gut microbiota composition-serum metabolites interaction. Redox Biology 2021 Feb 03;41. IF=9.986

哈尔滨医科大学第一附属医院:Yun Zhang, Song Zhang, Bolin Li, et al. Gut microbiota dysbiosis promotes age-related atrial fibrillation by lipopolysaccharide and glucose-induced activation of NLRP3-inflammasome. Cardiovascular Research 2021 March . IF=8.168

深圳市绿航星际太空科技研究院:Feng Q, Lan X, Ji X, et al. Time series analysis of microbiome and metabolome at multiple body sites in steady long-term isolation confinement. Gut 2020 September 10. IF=19.819


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