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代谢组学两种常见图形制作分享

分类:公司动态   发布时间 2020-05-18   阅读: 170

趣粉:小编,请问文献里面的美图是如何制作出来哒?比如韦恩图、箱形图等。

小编:呀,咱们可真是心有灵犀一点通呢,本期小编邀请到了BIOTREE的明星老师杜杰手把手教大家制作这两种图片呢。话不多说,赶快学起来吧!

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韦恩图制作

分析网站链接:http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html

首先,进行网站,导入下图箭头所指相关案例数据。

代谢组学

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上图箭头所指均可自由编辑哦,这里显示输入了6组不同数据集(网站目前上限数据集为6组哦~)。友情提醒,如果是代谢组学数据,那一般只需导入代谢物质名称或编号就可以啦。

代谢组学

韦恩分析结果展示如上图(左),如需调出右图中的单组对应信息内容,则鼠标左键点击选中相应数字即可,不要太方便呀~

代谢组学

当然,如果只要三组数据集的韦恩图展示,那么,我们只需输入三个对应的list数据集就可以啦~,这不香嘛~

代谢组学

接下来,还可对图形进一步调整展示。比如:图形展现形式、图形字体类型、大小等,根据需求灵活调整就可以了。

代谢组学

最后,调试好分析出来的图形和表格结果进行本地下载保存,可千万别忘了哦~

Tips:如果需要展示的数据集超过6组的话,咋办?给大家推荐一个数据集合可视化神包—UpSetR,感兴趣的小伙伴们可自行搜索查询~

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箱线图制作

分析代码包:ggplot2 & ggpubr

以iris数据集为例,首先在Rstudio里载入ggplot2和ggpubr两个包(相关包安装教程可参考:http://www.bioconductor.org/install/),同时查看下iris数据集的表头信息,这里选取"Sepal.Length"作为关注变量来绘制不同组间箱线图含量表达展示。

代谢组学

首先,绘制两组间的箱线图结果,如下图:

代谢组学
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如果需要在图中显示不同的样本散点和横纵坐标标题,则代码添加如下:


代谢组学

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有时需要在两组间添加检验计算的p值,这里以T检验为例,则只需添加计算函数stat_compare_means(method = "t.test")

代谢组学

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当然,如果要把T检验的方法调整成秩和检验,则
代谢组学

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倘若需做三组(或三组以上)箱线图展示,同时加上Kruskal-Wallis多组检验结果及post-hoc两两比较结果,则

代谢组学

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最后,每组的分组颜色如果要自由定义设置,那么代码调整如下:

代谢组学

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教完收工~


如需代码可以在微信公众号后台留言:姓名+单位+手机+邮箱+代码。如有其它问题也可在下方直接留言,看完觉得不错记得“在看”哦,也欢迎大家转给需要的小伙伴们!


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