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第一届全国代谢组学及蛋白质组学双星峰会线上问答集锦

分类:公司动态   发布时间 2020-08-25   阅读: 58

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问:夏教授好,请问在代谢物筛选方面您有比较好的策略可以分享吗?比如您的两个实验中前列腺素E2和甜菜碱这些代谢物是如何在大量代谢物中被筛选出来,且与生殖毒性密切相关的?谢谢。

答:是采用与生殖毒性有关的病例对照研究设计,通过较大样本人群生物样本的代谢组,对差异代谢物进行分析,按一定标准筛选关键差异代谢物。是常用设计。

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问:夏老师您好,请问你们实验室做代谢组学是有建自己的标准品库吗?一般做non-targeted profiling analysis是哪些检测手段呢?

答:是的。我们有自己的库。传统non-target先采用代谢物全谱扫描,然后用统计分析筛选差异信号,最后用公共数据库比对进行可能的代谢物鉴定。要求更高的可以采用标准品进行进一步鉴定。

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问:怎么通过已知的二级谱图来推算类似的代谢物呢?这样鉴定出来的代谢物是只能确定结构吗?还是能够鉴定这个物质到底是什么?

答:如果老师手上有自己打出来的谱图,可以去类似PUBCHEM之类的公共数据库检索搜库,如果仅想通过二级谱图去鉴定物质通常难度会较大。

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问:请问非靶差异代谢物用二级图谱比对后,还需要做进一步验证吗?比如买标准品、靶向验证这些?CCS是不是在鉴定未知代谢物的意义更大呢?

答:非靶之后最好还是要做一下标准品的靶向验证的,非靶存在一定的假阳性。CCS对于鉴定已知代谢物也可以提高鉴定的准确性。

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问:朱老师,您提到人类有10万个代谢产物/小分子,这个数目,是包括各种细菌分泌的吗?还是我们人体细胞endogenous 的metablite 就有十万个?如果分开,体内细胞自己合成有多少个,或者单个细胞你感觉有多少个?

答:10万个数目来自HMDB(human metabolome database)收录的小分子代谢物数目,是指在跟人相关的生物样本中(比如血液、尿液、粪便、人体细胞、人组织等)检测到并文献报道过的小分子代谢物。

体内细胞合成的代谢物没法估计,目前以KEGG为例,大致在数千个到1万种左右,但是肯定存在大量未知代谢物。

单细胞目前大致能检测的代谢物约为几十个到上百个代谢物。但是实际数目肯定远远超过能检测到的。

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问:唾液等体液可以做代谢组学么?

答:可以做,我们目前就有唾液样本的代谢组学项目在跟进,我们也有成熟的唾液样本收集方法,可以联系BIOTREE当地对应销售工程师。

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问:请问吴总在数据处理的矫正分析中,LOESS和SVR算法那一种算法效果更好,国内外对于这两个算法的公认性如何,谢谢!

答:从SVR文章中给出的数据上来看,SVR优于LOESS。但是LOESS是一个很经典的算法,新出的算法都要和它对比一下才行。可以说LOESS是公认性最高的算法,但是不一定是最优秀的,因为新算法推出来需要时间检验,如果全面优于LOESS,那么就会取代掉LOESS成为新一代的经典。

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问:请问同一个体的不同样本(比如同一个人的血、尿、便等)的研究如何质控呢?这种多样本的数据如何进行分析解读呢?是进行不同样本间数据的关联性分析吗?谢谢。

答:每一种样本单独做质控。数据分析方法很多,关联分析挺经典的。也可以单独分析后找到差异代谢物,看看这些物质在不同样本之间有什么联系,等等。

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问:同位素内标正负离子模式各8个去监控成百上千个不同浓度离子特征,是否会过少?

答:理论上讲,每个物质都需要其对应的稳定同位素内标进行质控,但是这并不现实,因为很多feature根本无法知道是什么物质,知道了是什么物质也不一定买的到标品,买的到标品也不一定买得到稳定同位素标品,买的到稳定同位素标品的话也不一定买的起,买的起也用不起......所以有选择性地(比如在前中后保留时间上都要有内标出峰)选取少数几个物质来进行质控,排除掉“一部分”问题就足够了。不能奢望一条标准搞定所有,所以我们质控体系除了稳定同位素内标之外还有QC样本进行质控等其他手段。不同的手段质控的范围、时间段、角度都是不同的,从而避免掉绝大部分错误。

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问:您好,想请问下,如果要做代谢组学,在前期收集样本时,如人的尿液或者血液等,是根据不同的研究目的有不同的收集时的注意事项,还是只要是做代谢组学,样本的收集都一样,样本收集时有什么要求嘛,比如量、是否加入其它试剂、温度等。

答:绝大部分情况下,代谢组学样本收集只需要注意“淬灭”、“避免反复冻融”就足够了。如果待研究的代谢物比较特殊,比如见光易分解,需要针对性地做特殊处理。样本收集的量、温度,取决于研究目的,欢迎咨询当地BIOTREE的销售工程师,可以免费提供详细收样方法的资料和咨询服务。

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问:请问如果针对大队列,若有针对特殊样本建库需求,这个建库的样本量多少为宜?

答:不明白“建库”是一项什么样的工作,如果只是拿很多人份的样本pool在一起的话,个人认为至少200人份,推荐500人份以上,否则代表性不强。如果问库的体积,这个取决于待检测样本数量。

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问:在PPT开端,姚老师有提到到这个慢性疲劳综合征,不过后面是对二至丸成分效用的分析,不知道姚老师课题组是否有对这个CFS疾病的诊断和机理方面有后续研究方向和结果呢?

答:慢性疲劳综合征只是为了引出亚健康,二至丸在治疗这些亚健康症状上有一定作用,跟疾病诊断没有关系。

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问:老师您好,多组方的复方制剂研究,应用血清药理去解释的话,您是有什么好的想法以及展望。毕竟多组方的研究,过多的干扰因素以及考虑的多。

答:利用含药血清给细胞上药,就是为了减少直接中药提取物给药对细胞造成的伤害,恰恰是为了减少干扰。要说明的一点是,这里我们并没有用血清药理研究手段,而只是用了含药血清代替原来的直接给药,含药血清虽然现在争论仍然很多,但是也是目前可以折中的一种方式,可以被大多数学者接受,当然最好是单体给药了,但是又有一个新问题,就没有了中药多成分之实了。

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问:超灵敏的代谢组方法一针最多检测多少代谢物?

答:我司项目经验,通常LC-MS血浆类样本正负离子在一起大约能定性出来500-800二级定性物质。

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问:请问段教授癌症在中医角度属于什么症候?

答:这是个很大的复杂问题。简单的说,癌症在中医角度,可能涵盖在不同的证候中。中医对癌症的认识相当早,有诸多证候都与癌症(最早称之为岩)有关联。请注意,证候不是症候。

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