新闻资讯

NEWS

干货分享丨代谢组学三个常用网站使用介绍

分类:公司动态   发布时间 2020-10-20   阅读: 163

话不多说,直接进入使用实操主题~

1
KEGG代谢通路分析

手头有一些关注或挑选到的重要差异代谢物质,该如何针对这些物质寻求相关的代谢通路信息呢?

分析网站链接:https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html

首先,进行网站,导入下图箭头所指相关案例数据


上图箭头所指选取了网站默认提供的Homo sapience pathway数据。小编提醒,这里输入的代谢物质或基因名称格式应为网站对应K/C开头的编号。



接下来,鼠标左键点击选中相应Exec即可,不要太方便呀~


从返回的结果中,可以看到生成的代谢通路数量总共11条,同时,每条通路的显示形式为通路编号+代谢通路名称,通路后面小括号里的数字表示当前通路的差异物质/基因数目,如果想要具体知晓哪些物质/基因,则只需点击“Show matched objects”,如下图所示:



接下来,还可对每一条生成的代谢通路进行理解分析,以Biosynthesis of amino acids为例,鼠标左键点击该通路信息,则有


进一步,点击当前代谢通路图上方对应的Help按钮,可帮助我们针对通路的形成做具体的了解掌握。最后,通过 Image (png) file对通路分析结果图形进行本地下载保存,可千万别忘了哦~


Tips:如果要综合多条代谢通路分析的结果,咋办?这里小编推荐一个合并的参考方法,针对那些同时参与多条通路分析的代谢物质,可将它们作为通路间连接合并的桥梁~

2
代谢物ID号批量转换查询


如何快速方便的找到物质对应的一些常见数据库索引号呢,例如上面提到的kegg通路分析所需的KEGG ID号(以C开头的)?

分析网站一链接:https://www.metaboanalyst.ca/MetaboAnalyst/upload/ConvertView.xhtml

以网站提供的代谢物名称为例,这里需要注意的是如果物质名称带有古希腊字母信息,类似α、β等需分别用alpha、beta等进行替换。


接下来,选择对应的输入类型为“Common Name”,点击Submit,进行结果匹配:


在生成的结果匹配表里,可以看到每个输入物质对应的HMDB、KEGG等数据库编号。同时,针对有黄色标记的模糊匹配到的物质结果,可进一步点击Details栏对应的View进行候选结果查看。


最后,可点击上图的here链接进行匹配表格结果的保存下载。

当然,如果想要批量获取得到物质对应的CAS/ InChIKey等编号,该怎么办呢?

分析网站二链接:

http://cts.fiehnlab.ucdavis.edu/batch

进入网站,左侧输入上面转换得到的KEGG ID号,在右侧分别选择CAS和InChIKey两种生成的编号信息,见下图:


选择好后,点击Convert,则


最后,生成的匹配表格进行保存本地下载。


教完收工~

happy


代谢组学