干货分享 | 小小代码造就精美绘图——“瀑布图”
发布时间 2022-08-05
绘图用R包
包含大量专业绘图色,绘制多样本图的基础
用于整理数据的R包
library(ggplot2) library(RColorBrewer) library(reshape2)
文件命名为Waterfall_Data.csv
data<-read.csv("Waterfall_data.csv",stringsAsFactors=FALSE)
colnames(data)<-c("X_Axis",seq(60,25,-5)) plotdata<-melt(data,id.vars = "X_Axis")
ggplot(plotdata,aes(X_Axis,value,fill=variable))+
geom_area(color="black",size=0.25)+
facet_grid(variable~.)+
theme(
text=element_text(size=15,face="plain",color="black"),
axis.title=element_text(size=10,face="plain",color="black"),
axis.text = element_text(size=10,face="plain",color="black"),
legend.position="none"
)
相对于行分面瀑布图,3D瀑布图中不同类别间的差异更为直观,能更好地观察类与类之间的差距。
library(plot3D) library(RColorBrewer)
data<-read.csv("Facting_Data.csv",check.names =FALSE)
N<-ncol(data)-1 plotdata<-data.frame(x=numeric(),y=numeric(),variable=character()) for (i in 1:N){ tempdata<-data.frame(spline(data[,1],data[,i+1],n=300,method= "natural")) tempdata$variable<-colnames(data)[i+1] plotdata<-rbind(plotdata,tempdata) }#插值处理 plotdata$variable<-as.numeric(plotdata$variable) group<-unique(plotdata$variable) M<-length(group)
gg_color_hue <- function(n) {
hues = seq(15, 375, length = n + 1)
hcl(h = hues, l = 65, c = 100)[1:n]
}
colormap <- rev(gg_color_hue(M))#brewer.pal(M,'RdYlGn')
pmar <- par(mar = c(5.1, 4.1, 4.1, 6.1))
perspbox(z=as.vector(0),#add=TRUE,xlim=c(20,70),ylim=c(360,750),zlim=c(0,15),
ticktype = "detailed",bty = "f",box = TRUE,colkey = FALSE,
theta = -110, phi = 20, d=3)
for (i in 1:M){
df0<-plotdata[plotdata$variable==group[i],]
Ndf<-nrow(df0)
df<-rbind(df0,c(df0$x[1],df0$y[Ndf],df0$variable[Ndf]))
with(df,polygon3D(x=variable,y=x, z=y, alpha=0.6,
col=colormap[i],lwd = 3,add=TRUE,colkey = FALSE))
with(df0,lines3D(x=variable,y=x, z=y,
lwd = 0.5,col="black",add=TRUE))
}
colkey (col=colormap,clim=range(plotdata$y),clab = "Z Value", add=TRUE, length=0.5,side = 4)#
备注:X轴变量数据(不同样本)、不同的Y轴离散型变量(不同指标)、Z轴数值变量(指标相对含量)
Recommend more
推荐更多
-
J Hazard Mater(IF=13.6) | 蛋白质磷酸化:大麦应对纳米塑料与氧化锌纳米粒子的关键调控因子纳米材料作为纳米技术发展的物质基础,已在多个领域得到广泛应用。在农业方面,氧化锌纳米颗粒(ZnO nanoparticles, ZnO NPs)可用作纳米肥料施用,能够增加植物的光合碳同化、水分利用效率和胁迫抗性。2024-03-12
-
Cell揭秘,发现准妈妈补充叶酸的“真相”无论是影视作品中还是日常生活中,我们能经常看到备孕期、怀孕期的准妈妈会主动补充叶酸,但是叶酸是什么呢?为什么准妈妈们要补充叶酸呢?叶酸有什么作用呢?补充的叶酸对于怀孕过程和小宝宝的生长有什么影响呢?2024-03-05
-
国自然热点:黄芪新发现,逆转心肌梗死后重构,改善心功能该研究发现新型小分子黄芪甲苷(Astragaloside IV)衍生物HHQ16通过与长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)-lnc4012/9456特异性结合导致其降解,进而拮抗G3BP2/NF-κB信号通路信号传导2024-02-27
-
项目文章 | 基于靶向代谢组学鉴定肠炎沙门氏菌污染鸡的生物标志代谢物肠炎沙门氏菌(S.enteritidis)是一种严重威胁畜牧业和人类健康的人畜共患病原体,它引起的污染已成为中国乃至世界细菌性食物中毒的主要原因。本研究旨在研究肠炎沙门氏菌在鸡体内的代谢特征,寻找肠炎沙门氏菌在鸡体内的代谢标志物。2024-02-22
-
项目文章(IF=18.9) | 中科院微生所仲乃琴团队在马铃薯疮痂病方向新突破马铃薯作为世界第四大粮食作物,在保障人类粮食供应稳定方面发挥着重要作用。然而,由致病性链霉菌(Streptomyces)引起的马铃薯普通疮痂病(common scab, CS)在全球范围内均有发生,且危害逐年增加。2024-01-25
-
干货分享 | 5min带你认识简单好用的通路数据库——ReactomeReactome数据库交叉引用了100多个不同的在线生物信息学资源,包括NCBI、Ensembl和UniProt数据库、UCSC基因组浏览器、ChEBI小分子数据库和PubMed文献数据库等。2023-08-23
-
科研加速宝典 | 跟着CNS学习肠菌研究策略“肠道菌群与人体健康关系的研究”被列入 Science 杂志报道的十大科学进展,对肠道菌群的研究早已成为科学热点之一。2023-08-23