生物体中的复杂代谢反应及其调控并不单独进行，往往由不同基因、蛋白质和代谢物形成复杂的通路和网络，它们的相互影响和相互调控最终导致代谢组发生系统性的改变。在进行多组学联合分析时，我们常常听说KEGG通路注释和富集分析，下面就来看看怎么在KEGG网站上对多组学数据进行通路注释分析吧。
京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)Pathway数据库以基因和基因组的功能信息为基础，以代谢反应为线索，串联可能的代谢途径及对应的调控蛋白，以图解的方式展示细胞生理生化过程。这些过程包括能量代、物质运输、信号传递和细胞周期调控等，以及同系保守的子通路等信息。利用KEGG网站怎么做出精美的代谢通路图，代谢通路图又该如何解读呢？下面就让小趣带大家一起来学习吧！
选择我们的目标代谢物和基因，这里以2个代谢物和1个基因做简单示例。第一列是输入的代谢物C号和基因ID，第二列是根据物质上下调想要标注的颜色。
打开KEGG PATHWAY数据库网站：https://www.kegg.jp/kegg/mapper/color.html。选择研究的物种，再填入筛选好的代谢物和基因，点击运行即可。
得到如下的注释结果：
可以看到，一共注释到了25条代谢通路。第一列是通路在KEGG PATHWAY数据库的ID，每个ID由2-4个字母物种代码和 5 位数字的组合标识（如hsa00010）；第二列是通路的名称；括号里的数字是注释到的目标代谢物/基因的个数。点击数字，可以看到是注释到的代谢物/基因的具体名称。
点击pathway ID，得到如下的KEGG通路图。
KEGG通路图中图形注释含义可查看下图，绿色方框的是有物种特异性基因信息。可以看到，在通路图上按照我们输入的颜色进行了标注，亮红色代表上调，亮蓝色代表下调。
通路中的基因、代谢物等都可以点击查看它的详细信息。以基因为例，包括基因名称、参与的通路、该基因涉及的通路的分级关系和该基因在不同物种中的同源基因等。
点击左上角的Download，可以下载通路图到本地，方便随时查看。
是不是很简单呢，快速动手实操一下吧！
