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新品发布 | Nanopore三代全长转录组

发布时间 2022-05-26

Nanopore全长转录组是基于牛津纳米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）三代测序平台，无需打断，直接获取转录本的包含5'UTR、3'UTR、polyA尾的mRNA全长序列，从而准确识别可变剪接、融合基因和可选择性多聚腺苷酸化APA等结构变异信息。

Nanopore测序原理

主要基于纳米孔的单分子实时电信号测序，单个碱基或DNA分子在分子马达的带领下与镶嵌在生物膜上的纳米孔蛋白结合并解旋，而ATCG四种碱基的带电性质不同，因此通过电信号差异特征即可检测出通过纳米孔的碱基类型，从而实现测序。

图1. Nanopore测序原理

图1. Nanopore测序原理

产品优势

01

准确定量isoform

准确区分异构体、识别新转录本
定量值和理论值相关性98.9%

02

无GC和PCR偏好

建库过程无PCR步骤，无PCR偏好
无GC偏好性

03

转录本检测范围广

转录本通常为几千nt，无片段选择，可识别几十nt到几十Knt的全部转录本

04

直接检测结构变异

直接检测可变剪切
直接检测融合基因

技术路线

图2. 全长转录组分析流程

图2. 全长转录组分析流程

案例分享

Full-length transcript characterization of SF3B1 mutation in chronic lymphocytic leukemia reveals

全长转录组对慢性淋巴细胞白血病SF3B1转录突变体检测与定量研究

文章标题：全长转录组对慢性淋巴细胞白血病SF3B1转录突变体检测与定量研究 IF=14.919

SF3B1是剪接体关键基因U2 snRN的编码基因，该基因突变会导致慢性淋巴细胞白血病（CLL）、乳腺癌和骨髓增生异常综合征等疾病的发生，以CLL患者最为显著。本文选取3个无SF3B1突变CLL患者样本（CLL SF3B1WT）、3个SF3B1K700E 突变CLL患者样本（CLL SF3B1K700E）和3个普通B淋巴细胞样本为研究对象，通过Nanopore技术平台进行全长转录组测序，开发了FLAIR流程用于识别高可信度转录本，发现了与SF3B1突变相关的剪接位点的变化，和与SF3B1突变相关的下游内含子保留转录本的变化以及有效和无效isoform的变化。

图3. 文章部分结果

图3. 文章部分结果

三代全长转录组

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