干货分享 | 请叫我“热图”君_行业资讯_百趣生物-代谢组学-蛋白质组学-转录组测序-多组学联合分析

首页百趣概况新闻资讯 行业资讯

干货分享 | 请叫我“热图”君

发布时间 2022-06-21

热图用来对采集的因子响应强度或其他的一些因素进行归一化，从而利用颜色条的变化来直观地表示不同样本之间的变量变化情况。

其本质是有一个个用预设颜色表示数值大小的小方格组成的一个数据矩阵，并通过对因子或样本进行聚类，从而观察不同样品数据间的相似性。

R中绘制基因表达热图的方法

由于热图的画法较多，小编对以下几种比较常用的画法做了归纳。

01

使用heatmap函数绘制热图

Heatmap的画法比较简单，参数较少。

干货分享 | 请叫我“热图”君(图1)

干货分享 | 请叫我“热图”君(图2)

02

使用pheatmap包画热图

pheatmap包由于用法简单，个性化参数较多，故非常受欢迎，是主流的热图绘制工具，这里简单介绍一种热图画法。

干货分享 | 请叫我“热图”君(图3)

干货分享 | 请叫我“热图”君(图4)

03

使用ComplexHeatmap包画热图

ComplexHeatmap包是一个绘制复杂热图的神器，这里主要介绍如何组合热图的画法。

干货分享 | 请叫我“热图”君(图5)

干货分享 | 请叫我“热图”君(图6)

干货分享 | 请叫我“热图”君(图7)

本次干货分享，小编就heatmap()，pheatmap包, ComplexHeatmap包做了简单的介绍。接下来对以上三种做一个简单的汇总：

heatmap()[R基本函数，统计数据包]：绘制一个简单的热图
pheatmap()[pheatmap R包]：绘制漂亮的热图，并提供更多控件来更改热图的外观
ComplexHeatmap[R/Bioconductor的包]：绘制注释和排列复杂热图（用于基因组数据分析是非常有用的）

然而在R语言中还有更多热图的画法，eg: heatmap.2()，d3heatmap()等，欢迎有兴趣的小伙伴留言，和小编一起探索高级聚类热图的画法。

上一篇：顶刊综述IF 60.716 | 癌症蛋白质基因组学研究进展与未来展望

下一篇：文献分享 | 孕妇妊娠期营养摄入与自发性早产关联研究

返回列表

Recommend more

推荐更多

微信

在线
咨询

QQ